Эндоскопическое отделение в детской больнице им. Н.Ф.Филатова открыто в 1973 году и в течение многих лет является крупным специализированным отделением для оказания экстренной и консультативной помощи детям в Москве. Внедрена в клиническую практику и широко используется фиброэзофагогастродуоденоскопия для диагностики пороков развития. Разработаны эндоскопические критерии заболеваний у новорожденных, врожденного пилоростеноза и других пороков развития. Продолжатся изучение возможностей гастроскопии в лечении детей первых дней жизни и гипертрофическим пилоростенозом.

В эндоскопическом отделении КДЦ проводятся исследования пищевода, желудка, двенадцатиперстной кишки, биопсия слизистой. Разработаны и внедрены в клиническую практику методы рентгеноэндоскопической гидробаллонодилатации у больных со структурами пищевода различной этиологии и ахалазии кардии, также эндоскопические критерии определения глубины поражения стенки пищевода при химических ожогах. Успешно используются интраоперационные эндоскопические вмешательства. Наряду с лечебной работой в отделении ведется научная и учебная методическая работа.

Для получения медицинской помощи необходимо иметь при себе страховой полис ОМС и направление. Пациентам, не имеющим страхового полиса ОМС, услуги предоставляются платно. Исследования проводятся натощак, накануне вечером принимается легкий ужин. При себе иметь полотенце или пеленку и сменную обувь. Прием пациентов ведется с 9.00 до 12.00.